L’idea di dar vita a un museo dedicato alla fotografia contemporanea nasce in seno al Progetto Archivio dello spazio (parte del più ampio Progetto Beni Architettonici e Ambientali della Provincia di Milano, 1987-1997).
Il progetto viene avviato nel 1996 dalla Provincia di Milano, alla quale si unisce subito il Comune di Cinisello Balsamo. Nel suo svolgersi ha visto anche la collaborazione della Regione Lombardia e del Ministero per i Beni e le Attività Culturali.
Dopo una prima fase durante la quale un comitato scientifico composto da studiosi italiani e stranieri lavora al progetto e alla definizione della mission e delle attività e hanno inizio i lavori di ristrutturazione dell’Ala Sud di Villa Ghirlanda, oggi sede del museo, viene avviata la costituzione delle collezioni fotografiche e della biblioteca.
A partire dal 2000 hanno inizio in una sede provvisoria tutte le attività del futuro museo: catalogazione e conservazione, mostre, pubblicazioni, seminari di studio, committenze a fotografi contemporanei, sperimentazioni didattiche. Contemporaneamente viene costruita una rete di collaborazioni nazionali e internazionali con università, scuole, istituzioni.
Il Museo di Fotografia Contempornea viene inaugurato il 3 aprile 2004, nella sede completamente ristrutturata dell’Ala Sud di Villa Ghirlanda.
La Fondazione che lo gestisce è costituita nel 2005 da Città Metropolitana di Milano e Comune di Cinisello Balsamo.